Bahía de Santa María

Debido a su extensión, esta área presenta varios tipos de hábitat, presentando mayor cobertura la vegetación de manglar con cuatro distintas especies de mangle: mangle de conos o botoncillo (Conocarpus erecta), mangle rojo (Rhyzopha mangle), mangle blanco (Avicenia germinans), mangle prieto (Laguncularia racemosa). Por la selva baja, caducifolia está presente en toda la franja costera y muchas de sus islas. También es común encontrar manchones de vegetación xerófita y halofita, además de extensas zonas con dunas y pantanos. Toda la bahía está sujeta a los movimientos de las mareas, de esta influencia dependen en gran medida las zonas pantanosas que es el sitio idóneo donde permanecen las aves, principalmente playeros. Presenta las condiciones de humedal continental, aunque en las últimas décadas los asentamientos humanos y por ende las prácticas de explotación de la zona han creado condiciones para extensas áreas pantanosas.

Aún y cuando el potencial biológico de la región es muy alto, existen diversos factores que amenazan la zona, entre los que podemos destacar el aumento considerable de pobladores en la región, lo cual conlleva a una sobreexplotación de los recursos naturales de la zona, los campos pesqueros y su actividad ha provocado un deterioro paulatino de la flora y fauna acuática, hablar de actividades pequeras implica la sobrepesca, basura, técnicas impropias de pesda, contaminación por desechos de aceite y gasolina, una falta de cultura sobre el aprovechamiento de los recursos. Recientemente se han desarrollado e instalado un gran número de granjas acuícolas, muchas de ellas sin la autorización correspondiente de las autoridades, por lo que la destrucción de grandes extensiones de terrenos cercanos a los cuerpos de agua de la Bahía se han visto afectados de manera negativa, la construcción de canales de llamada para el llenado de los estanques ha impedido el flujo y reflujo de las mareas provocando con esto la muerte de mangles y otro tipo de vegetación halofitas, que de continuar con esta tendencia se corre el riesgo de un desastre ecológico. La actividad agrícola también afecta de manera negativa los recursos de la Bahía, ya que en ella se aplican diferentes tipos de agroquímicos y los excedentes se depositan en la Bahía a través de las aguas residuales provocando con ello la paulatina eutroficación de la zona.

Los problemas siguientes deben ser prioritizados: la restauración de humedales destruidos por las granjas acuícolas que han abandonado sus actividades, controlar la pesca en heneral, el desecho o vertido de aguas con agroquímicos de las zonas agrícolas y de las ciudades aledañas.

A pesar de su riqueza biológica, la zona carece de un estudio sistemático de flora y fauna, no se tiene un inventario confiable que permita establecer prioridades de conservación de los recursos.